Tout commence en Octobre 1989, à Smallville au Kansas. Une pluie de météorites s'abat sur la ville, semant sur son passage mort et désolation. La jeune Lana Lang voit mourir ses parents, tandis que le petit Lex Luthor devient chauve. Cependant de cette catastrophe surgit un miracle: un enfant de trois ans qui sera recueilli par les Kent (Jonathan et Martha).
Douze ans passent, et Clark Kent est maintenant un adolescent pas comme les autres, puisqu'il possède d'étonnants pouvoirs. Il vit dans une ferme avec ses parents adoptifs, aime être avec ses amis Chloé, Pete et Lana. Il va également se lier d'amitié avec Lex Luthor après l'avoir sauvé d'une mort certaine.